Étude bioinformatique des génomes de Porphyromonas

Abstract

Les bactéries du phylum Bacteroidetes, classe Bacteroidia, sont parmi les plus importantes dans microbiotes gastrointestinaux des humains et d'autres mammifères. La bouche, entrée du tube digestif, est un environnement avec des sites anatomiques variés, auxquels s'associent des microbiotes de composition différente. L'union de la gencive et des dents, le sillon gingivo-dentaire ou sulcus, est un site de dépôt d'un biofilm complexe appelé plaque dentaire. Une bactérie de ce phylum, Porphyromonas gingivalis, est capable de perturber le système immunitaire humain et de produire un déséquilibre du biofilm oral également nommée dysbiose. Ceci déclenche la formation de la poche parodontale, un creusement pathologique du sulcus, et l'apparition de la parodontite. D’autres espèces du genre Porphyromonas sont également associées à la parodontite notamment chez les canidés. Les populations de P. gingivalis sont panmictiques et la plasticité de leurs génomes importante. La bioinformatique peut aider à identifier les causes de la mosaïcité des génomes de cette bactérie, à étudier les facteurs de virulence au niveau du genre bactérien pour expliquer l'existence d'espèces pathogènes et d'autres commensales et à décrire la dysbiose liée à la parodontite. La génomique comparative de P. gingivalis a démontré une corrélation entre le nombre de contigs dans les génomes draft de cette espèce et les répétitions génomiques, notamment des séquences d'insertion. Nous avons re-séquencé, re-assemblé et re-annoté trois souches de référence de cette bactérie qui avaient des génomes complets, en utilisant un séquençage en long-read. Nous avons mis en évidence des erreurs d'assemblage sur les trois génomes publiés, que nous avons corrigé. Une étude du pangénome de ces trois souches montre un génome core important. La plasticité de l'espèce serait donc plus dans l'organisation du génome que dans les différentes...

Inglés: Bacteria of Bacteroidetes phylum, Bacteroidia class, are amongst the more important in gastrointestimal microbiota, either human or from other mammals. The mouth, digestive tube entry, is an environment with varied anatomic sites, each having a particular microbiota with different composition. The union between gingiva and teeth, the gingival sulcus, is a site for biofilm (dental plaque) formation and accumulation. Porphyromonas gingivalis, a bacterium from this phylum, can modulate the inmune system and produce an oral biofilm desequilibrium called dysbiosis. This triggers the formation of a periodontal pocket, a pathological deepening of the gingival sulcus, and the emergence of periodontitis. Other Porphyromonas species are also associated to periodontitis, mainly in canids. P. gingivalis populations are panmictic and their genomes are highly plastic. Bioinformatics can help to identify the causes of this genomic mosaicity, to study Porphyromonas virulence factors in order to explain why some species are pathogens and other are commensal, and to describe the dysbiosis linked to periodontitis. P. gingivalis comparative genomics showed a correlation between the number of contigs in draft genomes and genomic repeats, mainly insertion sequences. We resequenced, reassembled and reannotated three reference strains of this bacterium that already had complete published genomes, using long-read sequencing. We showed that misassemblies were present in the three published genomes, and we corrected them. A pangenome study of the three strains showed that the core genome is preponderant. The species plasticity might be related more to the genome organization than to different coding capacities. A subpart of th core genome, with genes having a nucleotidic identity percentage lower than the majority (variable core genome), is interesting for explaining the phenotypic differences of bacteria. We analysed the repertoire of a virulence factor, fimbriae, adhesion...

Español: Las bacterias del phylum Bacteroidetes, clase Bacteroidia, son de las más importantes en los microbiotas gastrointestinales humanos y de otros mamíferos. La boca, entrada del tubo digestivo, posee sitios anatómicos diferentes a los cuales se asocian microbiotas de variable composición. La unión de la encía con los dientes, el surco gingival, es sitio de déposito de un biofilm complejo llamado placa dental. Una bacteria de este phylum, Porphyromonas gingivalis, es capaz de perturbar el sistema inmune y de producir un desequilibrio del biofilm oral denominado disbiosis. Esto desencadena la formación de una bolsa periodontal, la profundización patológica del surco gingival, y la aparición de la periodontitis. Otras especies del género Porphyromonas han sido asociadas a la periodontitis de otros mamíferos, en particular de los cánidos. Las poblaciones de P. gingivalis son panmícticas y la plasticidad de sus genomas es importante. La bioinformática puede ayudar a identificar las causas de la mosaicidad de los genomas de esta bacteria, a estudiar sus factores de virulencia a nivel del género bacteriano para explicar la existencia de especies patógenas y de otras comensales, y a describir la disbiosis relacionada con la periodontitis. Mediante nuestros trabajos de genómica comparada de P. gingivalis, demostramos una correlación entre el número de contigs en los genomas draft de esta especie y sus repeticiones genómicas, principalmente, secuencias de inserción. Secuenciamos, ensamblamos y anotamos de nuevo tres genomas de cepas de referencia de esta bacteria, usando una tecnología de secuenciación de long-read. Estas cepas ya poseían genomas completos. Mostramos que los tres genomas previamente publicados contenían errores de reconstrucción, que corregimos. El estudio del pangenoma de estas tres cepas muestra un porcentaje importante de genes en común, un genoma core. La plasticidad de la especie estaría relacionada...